Echoes of Wisdom commence avec la princesse Zelda emprisonnée dans un cristal par Ganon. Après que Link ait vaincu Ganon, une Faille se forme à partir du Trident qu'il laisse derrière lui. Alors qu'il est avalé par la Faille, Link utilise son arc de puissance pour tirer une flèche sur le cristal, permettant à Zelda de se libérer.
