Echoes of Wisdom começa com a Princesa Zelda aprisionada dentro de um Cristal por Ganon. Depois que Link derrota Ganon, uma Fenda se forma a partir do Tridente que ele deixa para trás. Ao ser engolido pelo Rift, Link usa seu Arco do Poder para atirar uma Flecha no Cristal, permitindo que Zelda se liberte.
