Echoes of Wisdom comienza con la princesa Zelda encarcelada dentro de un cristal por Ganon. Después de que Link derrota a Ganon, se forma una grieta a partir del Tridente que deja atrás. Cuando es tragado por la Grieta, Link usa su Arco de Poder para disparar una Flecha al Cristal, permitiendo a Zelda liberarse.
