Echoes of Wisdom inizia con la principessa Zelda imprigionata in un cristallo da Ganon. Dopo che Link ha sconfitto Ganon, si forma una spaccatura dal tridente che si lascia dietro. Mentre viene inghiottito dalla Fenditura, Link usa il suo Arco del Potere per scagliare una Freccia contro il Cristallo, permettendo a Zelda di liberarsi.
