Echoes of Wisdom begint met prinses Zelda die door Ganon wordt opgesloten in een kristal. Nadat Link Ganon verslaat, vormt zich een kloof uit de Drietand die hij achterlaat. Terwijl hij wordt opgeslokt door de Rift, gebruikt Link zijn Bow of Might om een pijl naar het kristal te schieten, waardoor Zelda kan ontsnappen.
