Echoes of Wisdom rozpoczyna się od uwięzienia księżniczki Zeldy w krysztale przez Ganona. Po tym, jak Link pokonuje Ganona, z Tridentu, który zostawia, tworzy się Szczelina. Gdy zostaje połknięty przez Szczelinę, Link używa swojego Łuku Mocy, aby wystrzelić Strzałę w Kryształ, pozwalając Zeldie się uwolnić.
