Echoes of Wisdom beginnt damit, dass Prinzessin Zelda von Ganon in einem Kristall eingesperrt wird. Nachdem Link Ganon besiegt hat, entsteht aus dem Dreizack, den er zurücklässt, ein Riss. Als er vom Riss verschluckt wird, schießt Link mit seinem Bogen der Macht einen Pfeil auf den Kristall, wodurch Zelda sich befreien kann.
