Under jaktinsekter møter Nathan Whisper, en skapning som gir ham en klokke som lar ham se sin andre Yo-Kai som normalt er usynlig for mennesker. Nathan går da for å oppdage Yo-Kai og prøver å overbevise dem om å gjøre det bra rundt dem i stedet for å spille dårlige triks på mennesker.
